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　　“卢沟桥事变”爆发后，宁沪战线紧张，中央研究院各所迁入内地，动植物研究所先后迁至长沙、衡山，再到广西阳朔和重庆北碚。在战乱环境下，伍献文主要从事室内实验鱼类学研究，并在形态学、组织学和生理学领域发表多篇论文，其中《漓江的鱼类》记载了11个新发现鱼种。 重庆北碚成为抗战时期科研重镇，许多科研机构汇聚于此，保证了中国科学薪火延续。伍献文在此期间也到国立复旦大学任教，培养生物学人才。1943年，李约瑟博士访问中央研究院动植物研究所，高度评价科研水平，认为其在艰难条件下仍达国际水准。 1944年5月，动植物研究所拆分为动物研究所和植物研究所，由王家楫和罗宗洛任所长。在抗战期间，无论环境多艰难，科研人员坚持不懈。战后，中央研究院科研院所陆续回迁，伍献文与同仁于1946年回到上海，并在1947—1948年期间在镇江国立江苏医学院兼任教授。1948年4月，他当选为国立中央研究院院士。 新中国成立后，伍献文参与筹建中国科学院，在原中央研究院动物所基础上成立中国科学院水生生物研究所，由王家楫任所长，并在青岛、厦门设立海洋生物研究室，在无锡太湖设立淡水生物研究室。伍献文任水生生物研究所副所长兼太湖淡水生物研究室主任。 1954年，水生生物研究所及太湖淡水生物研究室由上海搬迁至武汉，伍献文主持鱼类学研究工作。1955年，他当选中国科学院学部委员。为了系统调查中国淡水鱼类资源，他带领团队深入全国江河湖泊、溪流沟涧，采集大量鱼类标本，并建立规模庞大的淡水鱼类模式标本，为鲤鱼科研究提供了丰富的第一手资料。 1964年，《中国鲤科鱼类志》上卷出版，引起国内外学术界关注；下卷因文革影响，于1976年才出版，全书共70余万字，系统描述中国鲤科鱼类113属412种，并附精美图版，是研究中国及世界鲤科鱼类的重要参考文献。 1976年底，77岁的伍献文接替王家楫出任中国科学院水生生物研究所所长，1980年兼任中国科学院武汉分院院长。他虽承担繁重行政事务，但始终坚持科研一线，这也是他一生信念与追求的体现。